De bisschoppen van Utrecht en Egmond en de graven van Holland bezitten grote stukken land in de buurt van de Rotte. Vanaf ongeveer 1100 geven zij opdracht voor grootschalige ontginning van het gebied. Aan de rand van de stroken landbouwgrond  die door de ontginning ontstaan, bouwen mensen hun huizen.

Ontstaan Bleiswijk en Bergschenhoek

Met de ontginningen ontstaan in de 12 ^e  eeuw de dorpjes Bleiswijk en Bergschenhoek. Bleiswijk had ook een kasteel: slot Cranenburg (1106). Aan de hand van oude kaarten is te zien dat het waarschijnlijk tussen de huidige Klappolder en de Rotte heeft gelegen.

Ontstaan Zevenhuizen

Zevenhuizen ontstaat al eerder en ligt dan direct aan de Rottemeren. Met de ontginningen verplaatst het dorp  zich meer landinwaarts. Kenmerkend voor deze dorpen is hun lintvorm, omdat ze ontstaan langs de uiteinden van de drooggemaakte kavels.

Woonstalhuis Binnenrotte

Bij de aanleg van de Willemsspoortunnel zijn veel vondsten gedaan. Zo hebben archeologen langs de Binnenrotte resten van een 11 ^e-eeuws woonstalhuis ontdekt, waarschijnlijk een overblijfsel van de nederzetting Rotta.

Rotte-dam

Er zijn ook veel resten gevonden van waterwerken uit de 12 ^e eeuw. Tussen 1164 en 1170 zijn er grote stormvloeden. Om overstromingen te voorkomen, bouwen de inwoners van het gebied dijken, sluizen en dammen in de Rotte. Eén van de oudste dammen ligt op de plek van de huidige Philips Willembrug (Hoge Brug) in Hillegersberg. Deze dam stamt uit 1180. De bekendste dam is de Middeldam. Deze ligt diep onder de huidige Hoogstraat en is waarschijnlijk de naamgever van Rotterdam. Deze dam is ongeveer 400 meter lang en werd gebouwd ter afsluiting van de monding van de Rotte. In de dam zitten verschillende sluizen om het achterland te kunnen ontwateren. Onder de dam van de Rotte, of de Rotte-dam, zijn bij opgravingen verschillende scheepjes aangetroffen die te dateren zijn rond het jaar 1270. De dam zal dus ook uit deze tijd zijn. In de polder die werd aangelegd vlakbij de Middeldam, ontstaat een stadje: Rotterdam.

Rotterdamse kastelen

De vele kastelen die Rotterdam i die tijd rijk was, zijn grotendeels onder de stadsbebouwing verdwenen. Slot Honingen (13^e eeuw) lag bij de Slotlaan, Slot Bulgersteijn (1333) onder het Beursplein, Huis te Krooswijk (1337) bij de Crooswijksebocht en het Hof van Weena (ca. 1100) nabij Pompenburg. Alleen van kasteel Hillegersberg (ca. 1250) is nog een ruïne te vinden op het kerkhof van de Hillegondakerk.

In 1340 ontvangt Rotterdam stadsrechten van Willem IV, graaf van Holland. In 1358 volgen stadsmuren.  Door het stadsrecht groeit de stad gestaag. De aanleg van een verbinding tussen de  Rotte en de Schie, waardoor producten over water naar onder andere Delft kunnen worden vervoerd, is goed voor de handel. Rotterdam wordt een echte marktstad.